مقدمة عامة لمحة تاريخية – تصميم الطرق المتبعة في دراسة بيئة الأحياء الدقيقة – حصر الكائنات الدقيقة - العوامل المؤثرة على نمو وتوزيع الكائنات الحية الدقيقة في الأوساط البيئية الطبيعية – الكائنات الحية الدقيقة في أوساطها البيئية الطبيعية ودورها المهم في الأوساط البيئية –الكائنات الحية الدقيقة في الأوساط البيئية المتطرفة – تأثير الأوساط البيئية على الكائنات الحية الدقيقة وتأثير الكائنات الحية الدقيقة على الأوساط البيئية التي تعيش فيها – دورات العنصر - الأسطح النباتية كأوساط بيئية مهمة – الاتزان الميكروبي )العلاقات التي تحدث بين الكائنات الحية الدقيقة في الأوساط البيئية(. التلوث الميكروبي.
مقدمة عامة – المياه كأوساط بيئية للكائنات الحية الدقيقة – توزيع الكائنات الحية الدقيقة في الأوساط البيئية المائية ويشمل على ) المياه الأرضية، مياه العيون، الأنهار،البحيرات الطبيعية والصناعية، والمادة الراسبة( – العوامل المؤثرة على نمو وتوزيع الكائنات الحية الدقيقة في الأوساط البيئية المائية المختلفة – الكائنات الحية الدقيقة وتلوث المياه – الفلورا الميكروبية لمياه الصرف الصحي – الكائنات الحية الدقيقة الممرضة المتواجدة في المياه ومياه الصرف الصحي – طرق معالجة مياه الصرف الصحي دور الكائنات الحية الدقيقة في تنقية المياه – طرق تحضير المياه للشرب والاستخدامات الآدمية الأخرى – الطرق المتبعة في الح